พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติปราจีนบุรี ก่อตั้งในปี พ.ศ. 2515 เนื่องจากกองโบราณคดีได้ทำการสำรวจขุดแต่งโบราณสถานในจังหวัดปราจีนบุรีและจังหวัดใกล้เคียง พบศิลปะโบราณวัตถุที่มีประโยชน์ต่อการศึกษาเป็นจำนวนมาก กรมศิลปากรจึงได้จัดตั้งพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ปราจีนบุรีขึ้นเพื่อเป็นสถานที่ที่รวบรวมองค์ความรู้ต่างๆ ของจังหวัดปราจีนบุรี เมืองมรดกทางศิลปวัฒนธรรมแห่งภาคตะวันออกที่มีประวัติศาสตร์อย่างยาวนาน ตั้งแต่อดีตจนถึงปัจจุบัน ได้รวบรวมโบราณวัตถุ ศิลปวัตถุที่ได้จากแหล่งโบราณคดีต่าง ๆ ของภูมิภาคตะวันออกและพื้นที่ใกล้เคียง  ในเขตจังหวัดปราจีนบุรี  สระแก้ว ฉะเชิงเทรา  ชลบุรี  ระยอง  จันทบุรีและตราด เนื่องจากในอดีตภาคตะวันออกมีการคมนาคมที่สะดวกทั้งทางบกและทางทะเล ส่งผลให้วัฒนธรรมของภาคนี้เจริญรุ่งเรืองทัดเทียมกับวัฒนธรรมอื่น ๆ ในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ทั้งในเรื่องสมัยก่อนประวัติศาสตร์และสมัยประวัติศาสตร์ ปัจจุบันพิพิธภัณฑสถานแห่งนี้เป็นพิพิธภัณฑสถานประเภทประวัติศาสตร์โบราณคดีประจำภูมิภาคตะวันออก ความโดดเด่นของพิพิธภัณฑ์แห่งนี้คือโบราณวัตถุที่เกี่ยวข้องกับศาสนาพราหมณ์ - ฮินดูในบริเวณนี้ ซึ่งมีอายุเก่าแก่เป็นลำดับต้นๆ ในบรรดาที่พบในประเทศไทย

        พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ปราจีนบุรี เพิ่งได้รับการปรับปรุงการจัดแสดงใหม่ทั้งหมด โดยมีหัวข้อจัดแสดงนิทรรศการที่น่าสนใจ คือ

1. ห้องชุมชนบราณในภาคตะวันออก มีการจัดแสดงเนื้อหาเกี่ยวกับยุคสมัยก่อนประวัติศาสตร์ที่สำคัญในภูมิภาค คือ ชุมชนโคกพนมดี และ ชุมชนหนองโน จังหวัดชลบุรี โดยมีหลุมศพเจ้าแม่โคกพนมดีจำลองเป็นไฮไลท์สำคัญ
2. ห้องพัฒนาการของชุมชนและเมืองโบราณในภาคตะวันออก จัดแสดงโบราณวัตถุชิ้นสำคัญในสมัยทวารวดีและวัฒนธรรมเขมรโบราณ อาทิ ทับหลังและจารึกจากปราสาทต่างๆ ในภูมิภาค
3. ห้องเมืองศรีมโหสถ เมืองโบราณสมัยทวารวดี นครรัฐแรกแห่งลุ่มแม่น้ำบางประกง มีโบราณวัตถุชิ้นสำคัญ คือ พระคเณศหินแกะสลักที่เก่าแก่ที่สุดองค์หนึ่งในประเทศไทย พระวิษณุจตุรภุช พระพุทธรูปปางสมาธิ รวมไปถึงเครื่องสำริด ศิลปะแบบเขมรโบราณที่พบในประเทศไทย

นอกจากนี้ยังมีห้องวัฒนธรรมลุ่มแม่น้ำบางประกง ที่จัดแสดงเนื้อหาผ่านสื่อมัลติมีเดีย แบบ interactive ที่ผู้ชมสามารถสัมผัสเพื่อรับชมเนื้อหาได้